Как анонимизировать DICOM в Ubuntu

Анонимизация DICOM-снимков стала частой задачей, связанной с необходимостью передать обезличенные данные за пределы медицинской организации (ФЗ-152, защита ПД и прочие требования).

Некоторые PACS и просмотрщики умеют это делать, но иногда возникает потребность сделать это из консоли (массово, например).

Для Ubuntu есть пакет gdcmanon, входящий в состав libgdcm-tools. Устанавливаем:

sudo apt install libgdcm-tools

Выпустим себе сертификат:

cd /etc/ssl
sudo openssl genrsa -out CA_key.pem
sudo openssl req -new -key CA_key.pem -x509 -days 365 -out CA_cert.cer

Предположим, что исходники у нас находятся в директории dicom, а анонимизированные файлы мы хотим получить в директории dicom-anon.

gdcmanon --certificate /etc/ssl/CA_cert.cer -e dicom/ dicom-anon/

Или выборочная очистка (--empty) и удаление (--remove) аттрибутов DICOM.

gdcmanon --certificate /etc/ssl/CA_cert.cer --dumb --empty 10,10 --empty 10,30 --remove 400,500 --remove 12,62 --remove 12,63 dicom/ dicom-anon/

В примере выше:
10,10 это (0010,0010) — аттрибут Patient's Name
10,30 это (0010,0030) — аттрибут Patient's Birth Date

Описание ключей и параметров gdcmanon.
Список полей DICOM-снимка. Там же есть File Editor, который прочтёт и выведет список имеющихся полей.