По умолчанию в убунту пользователю root запрещен вход через ssh. Для открытия доступа нужно выполнить следующие действия:
Получаем права суперпользователя
$ sudo bash
Открываем на редактирование конфигурацию sshd
$ nano /etc/ssh/sshd_config
Находим и раскомментируем строку
#PermitRootLogin prohibit-password
Вместо phohibit-password вписываем yes, сохраняем, закрываем и перезапускаем сервис ssh
$ service ssh restart
Теперь зададим пароль для пользователя root
$ passwd root
Готово, теперь можно цепляться к хосту под root`ом.
Если необходимо авторизоваться под root`ом без пароля, с использованием сертификата, то после выполнения ssh-copy-id нужно изменить значение параметра PermitRootLogin и снова перезапустить сервис ssh
PermitRootLogin without-password