Бэкап сайта (да и любых других папок на linux-сервере), равно как и баз данных (в частности, mysql) можно делать с помощью набора простых команд, помещенных в скрипт. Вводные данные: сайт в системе (пример на ubuntu) располагается по адресу /var/www/mysite.ru, база данных вертится на этом же сервере (dbname — mysitedb, dbuser — mysitedbuser, dbpass — Passw0rd). Бэкапить будем каждую ночь по записи в cron`е, архивы будем класть в папку /home/user/backup